Em torno do habitat e igreja eram conhecidas duas necrópoles e presentemente foram identificados outros dois núcleos. A primeira das duas necrópoles é exclusivamente composta por sepulturas escavadas na rocha. Situa-se a cerca de 150 metros a este da igreja, nos primeiros afloramentos graníticos que aparecem deste lado. São conhecidas 3 sepulturas distintas. A primeira é facilmente visível, num grande e destacado afloramento granítico ao lado de um carreiro. É trapezoidal, antropomórfica, com a forma da cabeça delineada no interior, orientada na direção este/oeste. Em volta tem as marcas de assentamento da tampa. Cerca de 50 metros a sul ficam outras duas sepulturas escavadas na rocha, algo disfarçadas em afloramentos baixos, pouco destacados e parcialmente ocultos por mato. Cada sepultura ocupa um afloramento distinto, um ao lado do outro. A primeira tem forma ovalada, quase trapezoidal, não antropomórfica, orientada norte/sul, sendo aliás a única das sepulturas de São Fagundo com esta orientação. A segunda sepultura, trapezoidal, orientada este/oeste, muito semelhante à sepultura isolada, embora não seja antropomórfica nem tenha marcas de assentamento de tampa. Imediatamente a sul destas duas sepulturas, a cerca de 30 metros de distância, fica a rocha com gravuras das Pegadas dos Mouros.
A segunda das necrópoles tem como particularidade associar sepulturas de lajes, com pelo menos, uma sepultura escavada na rocha. Localiza-se imediatamente a norte da igreja, em terrenos a uma cota superior, e que misturam terras baldias e rochosas com terrenos agricultados. A necrópole foi primeiramente identificada pela população local, quando a abertura de um caminho que contorna o sítio de São Fagundo pelo lado norte descobriu duas ou três sepulturas de lajes. Pelo menos parte de uma destas sepulturas é ainda visível no próprio caminho, distinguindo-se facilmente uma longa laje de granito, orientada com o próprio caminho na direção este/oeste. Em trabalhos agrícolas nos campos com vinha do lado norte do caminho terão aparecido mais algumas sepulturas de lajes. Atualmente, nenhum vestígio é visível, nem de sepulturas nem de materiais associados. Cerca de 10 metros a sul da sepultura de lajes visível no caminho encontra-se uma outra sepultura, escavada na rocha, num pequeno bloco rochoso pouco destacado. É uma sepultura oval simples, não antropomórfica, orientada na direção este/oeste. Dada a existência de sepulturas de lajes, é uma possibilidade que esta necrópole possa ter origem romana e que daqui possam provir as duas estelas funerárias encontradas na Igreja de São Fagundo.
Em Dezembro de 2012, na deslocação efetuada às necrópoles de São Fagundo permitiu identificar outros dois núcleos de sepulturas rupestres, sendo provável a preservação de outras estruturas similares, entre a densa vegetação existente nesta área.
