O Convento de São Francisco de Mogadouro terá sido fundado no início do século XVII e a obra de construção do edifício conventual terá sido iniciada cerca de 1620, tendo como patrocinador D. Luís Álvares de Távora.
Apresentando evidentes influências do modelo das igrejas jesuítas, o templo de São Francisco desenvolve-se em planta de cruz latina com três naves, capela-mor e sacristia. A fachada de gosto maneirista destaca-se pela verticalidade dos volumes e pela erudição da traça. Com galilé dividida em três pórticos, possui no registo intermédio um nicho com a imagem do padroeiro, integrado numa moldura com frontão e volutas de gosto flamengo e ladeado por janelas. Do lado esquerdo, ultrapassando a cércea do frontão triangular que remata o frontispício, foi edificada a torre sineira, coroada com pináculos.
No interior, destaca-se o cadeiral do coro-alto, uma excelente obra maneirista repleta de relevos de motivos de grutesco. Nas naves laterais foram edificadas capelas, com pórtico em arco pleno e altares de talha.
A nave principal é coberta por abóbada de canhão decorada. No centro da capela-mor foi edificado o retábulomor de talha, atribuído a Francisco Lopes de Matos. Assente sobre dois pedestais de granito, o retábulo de linhas maneiristas divide-se em dois registos de edículas, sendo o conjunto rematado por ático circular. Toda a estrutura é decorada com relevos de motivos fitomórficos e figuras de cabeças aladas, albergando um conjunto de tábuas com representações da vida de São Francisco.
Alberga desde 1971 diversos serviços camarários.
Classificação Imóvel de Interesse Público (IIP) - Decreto nº 40 361, DG, 1.ª série, n.º 228 de 20 outubro 1955 (altar-mor e pinturas da igreja) / EVC (Homologado como IIP - Despacho de 19-07-1974)
