Instalado no excecional conjunto arquitetónico barroco do Convento e Igreja de S. Francisco e Ordem Terceira de Vinhais, que D. João V aprovou em 7 de Janeiro de 1740. Porém, apenas em 6 de Janeiro de 1752 é que foi lançada a primeira pedra com grande pompa e circunstância para gáudio e apoteose das entidades de Vinhais e seus moradores que haviam solicitado com todo o interesse e insistência a realização deste monumento.
O Museu de Arte Sacra nasce em 2009 e está sedeado nas instalações da Fraternidade Franciscana de Vinhais, Convento de S. Francisco. Trata-se de um edifício acoplado à Igreja de S. Francisco, com um grande valor histórico-arquitetónico, que é realçado pela continuidade arquitectural da Igreja de N.ª Sra. da Encarnação. Os pontos de ligação existentes entre estes três conjuntos permitem um percurso de visita muito completo e enriquecedor.
O Museu, estruturalmente, compõe-se de sala de exposições, visita ao coro da Igreja de N.ª Sra. da Encarnação, Coro da Igreja de S. Francisco e Capela de N.ª Sra. das Dores ou N.º Sr. dos Perdidos, fazendo parte deste grupo, ainda, a Capela da Oração de Jesus no Horto, localizada no exterior do complexo.
A sua coleção compõe-se por cerca de meio milhar de objetos de pintura, escultura, ourivesaria, paramentaria gravura, documentação e mobiliário, com datação entre os séculos XVI e XX, pertencentes à Ordem Terceira de São Francisco de Vinhais, Santa Casa da Misericórdia e Igreja Matriz de Nossa Senhora da Assunção.
